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2月10日 エピジェネティックス超大御所が見るCovid-19:プラトン対話編(Review前のbioRxivプレプリント)

2021年2月10日

なるべく査読を通る前の論文は紹介しないことを心がけているが、今日は別だ。新型コロナウイルス禍の中でも、独自の研究成果を着々と発表しているエピジェネティックスの2人の大御所、Rudolf JaenischとRichard Youngが、なんとCovid-19にも一言とばかりに論文をまとめたのだ。今は査読前だが、これまでの実績からデータは信頼できるし、それ以上に2人の意思を拒否できるレフリーもそうはいまい。結局ほとんど変更なしにどこかに掲載されること間違い無い。

しかし「わざわざ、covid-19にお出まして頂かなくともいいのに」、と論文を読んでみると、大御所たちと若者の会話の中でふっと湧き上がった疑問を、ちょっと確かめてみようかと腰をあげた、と、言った感じの軽い論文なのがわかった。しかしタイトル「SARS-CoV-2 RNA reverse-transcribed and integrated into the human genome(SARS-CoV-2  RNAは逆転写されてヒトのゲノムに統合される)」は人騒がせだ。大御所たちがニンマリしているのがわかる。

そこで仲野徹さんを真似して、関西弁、プラトン対話編形式で論文を紹介することにした。

プラトン:世間では、PCRが陰性になったのに、また感染する人がいると騒いでるで。

弟子:またPCR陽性になっても、人にはうつらんらしいです。

プラトン:しかしcovid-19の完成度は結構高いし、そう簡単に中途半端なウイルスができるとは考えられんな。ひょっとしたら、RNAウイルスも、ゲノムに飛び込むのと違うか?それなら不完全な配列ができてPCRで引っかかるかもしれん。

弟子:ホンマなら、コロナが感染した細胞のデータベースでわかるかもしれません。

プラトン:ええアイデアや。ウイルスとホストのゲノムがキメラになったRNAが見つかるかデータベースで調べてみて。

弟子:先生、結構みつかります。感染した培養細胞以外でも、患者さんの肺の洗浄液では結構見つかります。気づいとらんだけです。

プラトン:ほな、RNA 逆転写酵素が高い細胞にCov-2を感染させて、ゲノムに飛び込むか調べてみて。発現RNAの多いNタンパク質配列で調べるだけでエエし。

弟子:先生、エイズウイルスの逆転写酵素でも、LINEトランスポゾンの逆転写酵素でも、細胞に発現させると、ゲノムからウイルス配列を検出できます。

プラトン:予想通りや。ホナ、ちょっとしんどい実験やけど、FISHでほんまにNタンパク質配列がゲノムにあるか確かめて。

弟子:先生、なんと35%の細胞のゲノムがN配列を持ってます。

プラトン:予想通りや。これほど高い確率ちゅうことは、コロナに感染するとLINE-1が活性化して、普通よりはゲノムに飛び込みやすいのかもしれんな。もう一回コロナ感染細胞データベースで見てみて。

弟子:先生、予想通りです。感染するとLINE-1が増えてます。ホンマか自分でも調べてみます。これも気づいとらんだけです。

プラトン:頼むわ

弟子:先生、確認できました。感染させると、LINE-1も上がり、ウイルスがゲノムの中にも飛び込んでます。多分LINE−1の逆転写酵素が働いたみたいです。気になってついでにやってみたのですが、サイトカインが出ているいろんな細胞の培養液でもLINE−1が出てます。結局、細胞にストレスがかかればLINE-1がでて、ウイルスがゲノムに飛び込めるみたいです。

プラトン:なかなかエエ実験や。これやったら論文にできるな。

弟子:ありがとうございます。

ソクラテス:要するにコロナが感染して、LINE−1が上がり、その逆転写酵素でウイルスの一部がDNAになってゲノムに入るちゅうことですな。チョット恐ろしい気もするけど、別に完全なウイルスがゲノムに入るわけとは違うし、問題ないやろ。ただ、感染したあと細胞が生き残ったら、T細胞免疫を刺激して、免疫記憶ができるかもしれんな。要するにクリスパーみたいな仕組みが人間にもあって、ウイルスから守ってくれてるちゅうことやな。おもろい。

最後のソクラテスは私の脚色です。


  1. okazaki yoshihisa より:

    コロナが感染⇒LINE−1が上がり⇒逆転写酵素でウイルスの一部がDNAになってゲノムに入る。
    Imp:
    核酸医薬の優れた点の一つ=ヒト遺伝子に影響を与えない。
    条件次第では、遺伝子に組み込まれるのかも?

  2. 桂子西川 より:

    楽しく読めると同時にものすごくわかりやすかったです!

  3. Tom より:

    楽しく,会話の状況をイメージしながら読ませていただきました。
    ウィルスゲノムのRNAがホストのゲノムに入り込めるとのことですが,mRNAワクチンのRNAとかでも同じようなことが起こるのかが気になりました。

    1. nishikawa より:

      ワクチンのRNAは複製されませんから、逆転写するときのプライマーができないので、DNAにならないと思います。一方、ウイルスは複製しますから、その時に逆転写酵素も働くのだと思います。もちろん頻度は少ないですが。同様に、私たちのmRNAもゲノムに飛び込むことはほとんどないでしょう。さらに、今回のワクチンはUridineの代わりに化学就職した核酸を使っているので、普通の酵素は聞きにくい可能性もあります。専門家と言う人も含めて、この辺をしっかり勉強している人はそう多くありません。疑問をもたれたら、自分で逆転写の勉強をしてみると、理解も深まると思います。

  4. koichiu より:

    EMCVでもLINE-1 RTで断片がゲノムに挿入?TERTは否定された模様です。
    ”Heritable endogenization of an RNA virus in a mammalian species”

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