なるべく査読を通る前の論文は紹介しないことを心がけているが、今日は別だ。新型コロナウイルス禍の中でも、独自の研究成果を着々と発表しているエピジェネティックスの2人の大御所、Rudolf JaenischとRichard Youngが、なんとCovid-19にも一言とばかりに論文をまとめたのだ。今は査読前だが、これまでの実績からデータは信頼できるし、それ以上に２人の意思を拒否できるレフリーもそうはいまい。結局ほとんど変更なしにどこかに掲載されること間違い無い。
しかし「わざわざ、covid-19にお出まして頂かなくともいいのに」、と論文を読んでみると、大御所たちと若者の会話の中でふっと湧き上がった疑問を、ちょっと確かめてみようかと腰をあげた、と、言った感じの軽い論文なのがわかった。しかしタイトル「SARS-CoV-2 RNA reverse-transcribed and integrated into the human genome（SARS-CoV-2 RNAは逆転写されてヒトのゲノムに統合される）」は人騒がせだ。大御所たちがニンマリしているのがわかる。
そこで仲野徹さんを真似して、関西弁、プラトン対話編形式で論文を紹介することにした。
プラトン：世間では、PCRが陰性になったのに、また感染する人がいると騒いでるで。
弟子：またPCR陽性になっても、人にはうつらんらしいです。
プラトン：しかしcovid-19の完成度は結構高いし、そう簡単に中途半端なウイルスができるとは考えられんな。ひょっとしたら、RNAウイルスも、ゲノムに飛び込むのと違うか？それなら不完全な配列ができてPCRで引っかかるかもしれん。
弟子：ホンマなら、コロナが感染した細胞のデータベースでわかるかもしれません。
プラトン：ええアイデアや。ウイルスとホストのゲノムがキメラになったRNAが見つかるかデータベースで調べてみて。
弟子：先生、結構みつかります。感染した培養細胞以外でも、患者さんの肺の洗浄液では結構見つかります。気づいとらんだけです。
プラトン：ほな、RNA 逆転写酵素が高い細胞にCov-2を感染させて、ゲノムに飛び込むか調べてみて。発現RNAの多いNタンパク質配列で調べるだけでエエし。
弟子：先生、エイズウイルスの逆転写酵素でも、LINEトランスポゾンの逆転写酵素でも、細胞に発現させると、ゲノムからウイルス配列を検出できます。
プラトン：予想通りや。ホナ、ちょっとしんどい実験やけど、FISHでほんまにNタンパク質配列がゲノムにあるか確かめて。
弟子：先生、なんと３５％の細胞のゲノムがN配列を持ってます。
プラトン：予想通りや。これほど高い確率ちゅうことは、コロナに感染するとLINE-1が活性化して、普通よりはゲノムに飛び込みやすいのかもしれんな。もう一回コロナ感染細胞データベースで見てみて。
弟子：先生、予想通りです。感染するとLINE-1が増えてます。ホンマか自分でも調べてみます。これも気づいとらんだけです。
プラトン：頼むわ
弟子：先生、確認できました。感染させると、LINE-1も上がり、ウイルスがゲノムの中にも飛び込んでます。多分LINE−１の逆転写酵素が働いたみたいです。気になってついでにやってみたのですが、サイトカインが出ているいろんな細胞の培養液でもLINE−１が出てます。結局、細胞にストレスがかかればLINE-1がでて、ウイルスがゲノムに飛び込めるみたいです。
プラトン：なかなかエエ実験や。これやったら論文にできるな。
弟子：ありがとうございます。
ソクラテス：要するにコロナが感染して、LINE−１が上がり、その逆転写酵素でウイルスの一部がDNAになってゲノムに入るちゅうことですな。チョット恐ろしい気もするけど、別に完全なウイルスがゲノムに入るわけとは違うし、問題ないやろ。ただ、感染したあと細胞が生き残ったら、T細胞免疫を刺激して、免疫記憶ができるかもしれんな。要するにクリスパーみたいな仕組みが人間にもあって、ウイルスから守ってくれてるちゅうことやな。おもろい。
最後のソクラテスは私の脚色です。
コロナが感染⇒LINE−１が上がり⇒逆転写酵素でウイルスの一部がDNAになってゲノムに入る。
Imp：
核酸医薬の優れた点の一つ＝ヒト遺伝子に影響を与えない。
条件次第では、遺伝子に組み込まれるのかも？
楽しく読めると同時にものすごくわかりやすかったです！
楽しく，会話の状況をイメージしながら読ませていただきました。
ウィルスゲノムのRNAがホストのゲノムに入り込めるとのことですが，mRNAワクチンのRNAとかでも同じようなことが起こるのかが気になりました。
ワクチンのRNAは複製されませんから、逆転写するときのプライマーができないので、DNAにならないと思います。一方、ウイルスは複製しますから、その時に逆転写酵素も働くのだと思います。もちろん頻度は少ないですが。同様に、私たちのmRNAもゲノムに飛び込むことはほとんどないでしょう。さらに、今回のワクチンはUridineの代わりに化学就職した核酸を使っているので、普通の酵素は聞きにくい可能性もあります。専門家と言う人も含めて、この辺をしっかり勉強している人はそう多くありません。疑問をもたれたら、自分で逆転写の勉強をしてみると、理解も深まると思います。
EMCVでもLINE-1 RTで断片がゲノムに挿入？TERTは否定された模様です。
”Heritable endogenization of an RNA virus in a mammalian species”
コメント失礼します。
逆転写酵素について詳しくしらないのですが、酵素によってはゲノム上で挿入されやすい部位もあるのかなと思いながら読んでいました。
ここで気になったのが、ウイルスのRNAはゲノム上のどの部位に挿入されるのでしょうか？
ゲノム上の部位によってはコロナ後の後遺症などにも影響するのかなと疑問に思いました。
RNAウイルスですから、逆転写されないと挿入できません。L1トランスポゾンを活性化して逆転写に使っていると言う話ですが。基本的にはどの場所にも入ると考えていい様に思います。ただ、３０Kbのウイルス全体が逆転写されることはないので、断片が挿入されると考えられます。この場合、免疫反応を誘導しても、ウイルスの感染を助けるといった可能性はホトンヂないと考えていいでしょう。
Rickは、そのうな単純な思想で研究を行っていないですよ。
私の勝手な想像です。