2020年8月14日
先日AASJの理事の一人藤本さんから「巷では、新型コロナウイルスが世界中に広がる間に感染力の高い突然変異が選択されている。」とか「わが国で発生した変異が第二波として広がりつつある。」という話を聞くが、それを裏付ける論文を紹介してほしいと頼まれた。
その時、このウイルスは他のRNAウイルスと比べると複製を正確に行う検閲機構を持っており、変異速度は比較的低いこと、また突然変異による系統樹は詳しく調べられており、ウイルスの広がりを予測するには極めて重要だが、それぞれの変異の機能的検証は極めて難しくほとんどできていないため、感染性の高いウイルスが選択されたなどといった話は全て推察で、エビデンスに基づく話はほとんどないと答えておいた。
幸い、今日紹介するワシントン大学からの論文はウイルスが細胞に侵入する際に使うスパイクタンパク質だけに焦点を当てた研究で、ウイルス全体の感染性を必ずしも反映するものではないが、３０００種類を越す突然変異についてその機能を調べた研究で８月６日Cellにプレプリントが掲載された。タイトルは「Deep mutational scanning of SARS-CoV-2 receptor binding domain reveals constraints on folding and ACE2 binding （SARS-CoV-2の受容体結合ドメインの網羅的突然変異スキャニングはタンパク質の折りたたみとACD2結合での制限を明らかにした）」だ。
この研究では現在発見されている突然変異の機能を一つ一つ調べるのではなく、スパイクタンパク質のACE2と結合するドメイン（RBD）にあらかじめ突然変異を導入したライブラリーを作成し（理論的に３８１９種類の変異が考えられるが、そのうち３８０４種類の変異が生成されている）、それぞれの変異は１６塩基のバーコードで特定できるようにしている。
次にこのライブラリーを酵母の細胞表面に発現できるようにして、それぞれの変異を細胞表面上のRBDと細胞側の受容体ACE2との結合などを指標に、機能的検証を行えるようにしている。酵母を使うことで、糖鎖の負荷による影響も調べることができる。
この研究では基本的にRBDに導入された一個のアミノ酸変異のみに絞って検証を行い、
酵母を使った方法で、タンパク質の細胞表面への発現量と、ACE2結合の生化学的検査が可能であること。すなわち、各変異の帰結を正確に記述できること。 半分以上の変異が特に大きな機能変化を誘導しないこと。すなわち、途中性の変異が蓄積しやすいこと。 多くの変異では、タンパク質の３次元構造が形成できないため、細胞表面に発現できなくなったり、ACE２との結合が失われること。一方、実際に発見されるウイルス変異ではこのようなケースは少ないことから、このような変異は活動性のプールから除去される。 ACE2結合能が高まる突然変異もかなりの数存在するが、実際の患者さんから分離したウイルスで、特にそのような変異は見られない。一方、SARSと同じ程度のACE2結合親和性を持つ程度の機能低下変異は数多く存在する。 人工的に多くの変異を導入し、そのタンパク質の機能を調べることで、RBDの構造学的特徴を明らかにすることができ、この情報はワクチン抗体のエピトープ解析に重要な資料を提供できること。 などを明らかにしている。
要するに今後感染者から新たに分離される変異の機能的側面を推察するための重要なレファレンスデータが揃った。ただ、このレファレンスをもとに、これまで分離された変異を見直すと、特にACEと結合性が高い変異が選ばれているような傾向はない。
もともとSARSに比べてCoV-2のRBDは高いACE2結合性があることから、より感染性が高まったとされてきている。ただ、これが新型コロナ誕生の要因とするにはまだまだ早い。驚くことに、この方法でも、またこれまでの研究でも、CoV-2の起源とされるセンザンコウのコロナウイルスの方がACE2に対する親和性は高い。従って、ACE2結合性を単純にウイルスの感染性と決めつけるのは早すぎる。
一方、抗体やワクチンによる介入が始まると、強く選択圧が働いて特定の変異が選択される可能性がある。この時、その変異の特徴を特定し、新しい治療抗体を用意するという意味で、今回得られたライブラリーの意味は大きい。
以上、RBDだけでもこれほど複雑で、多くのウイルスタンパク質が働くこのウイルスの場合、感染力はこれらの分子の総合結果であり、悪性、良性などと軽々しく決められないことがよく理解できた。
2020年8月13日
自閉症スペクトラム（ASD）に見られる高次の行動変化をマウスモデルで研究できるかどうか、昔から議論されている。しかし、人間のASDの中にもrare variantと呼ばれる直接異常につながる遺伝子変異が明らかになってきたこと、またモデル動物から何らかの治療のヒントが得られる可能性があることから、遺伝子操作によるモデルマウスはアクティブに利用されている。
モデル動物で研究する場合、行動変化の一致だけでASDと対応させるのは無理がある。そこでよく利用されるのがオキシトシンの効果で、ヒトASDでも短期的に行動異常を正常化させる効果が知られている。
今日紹介するバーゼル大学からの論文は、遺伝子変異、行動異常、オキシトシンの作用を結びつけるタンパク質翻訳システムの異常を明らかにした研究で８月１３日号Natureに掲載された。タイトルは「Rescue of oxytocin response and social behaviour in a mouse model of autism（オキシトシンへの反応と社会行動をマウス自閉症モデルで治療する）」だ。
この研究で使われたモデルマウスはシナプス間の接着に関わるとされているニューロリギン３（Nlgn3）ノックアウトマウスで、人間のASDでも変異が見つかっている。マウスでは新しい事物に対して示す好奇心の低下が明確な症状として特定できる。この研究では、同じような好奇心の欠如が、オキシトシンの機能を阻害する化合物を投与することで起こること、そしてこの症状が、オキシトシンが作用する腹側被蓋野から側坐核へ投射するドーパミン神経で発現するNlgn3の作用でおこっていることを特定する。すなわち、Nlgn3変異、行動異常、オキシトシン、そしてそれに関わる神経回路が特定できたことになる。
この結果に基づいて、次にオキシトシンによる作用のメカニズムについて、Nlgn3ノックアウトによる発現タンパク質の変化を網羅的に調べ、mRNAの翻訳に関わる分子が大きく変化していることを突き止める。翻訳というのは細胞機能の核といえるので、本当にそんなことが起こっているのかメチオニンアナログの取り込みを脳スライス培養で行い、Nlgn3ノックアウトマウスの被蓋野では翻訳全体が亢進していることを発見する。さらに驚くことに、翻訳を調節しているエロンゲーション因子elF4Eのリン酸化を阻害して、elF4EがmRNAとより強固に結合させる働きをしているMNK1/2を阻害すると、翻訳レベルが低下し、その結果Nlgn3欠損マウスのオキシトシンに対する反応が正常化し、さらに新しいものへの好奇心が現れることを示している。
結果は以上で、そのまま人間に当てはめるのは危険だが、オキシトシンの作用の一つが被蓋野ドーパミン神経の翻訳を低下させる効果があることがわかる。この研究ではMNK1/2阻害剤がすでにガン治療の目的で治験が行われているので、少なくともNlgn3の変異のあるASDには使用可能であると示唆しているが、もし翻訳レベルを変化させるという治療が可能なら、画期的なことだと思う。
2020年8月12日
チェックポイント治療やCAR-Tの登場で、それまで行われていた様々な免疫治療はエビデンスがない治療法として退けられる傾向にある。しかし、今もCAR-Tの利用ができない多くのガンが存在し、またチェックポイント治療はすでにガンに対する免疫が成立していることが条件になると、やはりガンで自分のT細胞を免疫する方法はこれからも開発を続けていく必要がある。
この時ガン抗原として何を使うかが重要な問題になる。理想的な方法として、ガンのエクソーム解析から突然変異を特定し、それをネオ抗原ペプチドとして用いる方法がある。すでにサービスも提供されているようだが、解析からペプチド作成までの時間を考えると、対象は限られる。
これに対して、ガンが発現している正常細胞では、ほとんど発現が見られない様々なガン抗原を利用することが可能だが、キラー細胞が認識するクラス１MHCに使うためにはあらかじめペプチドにしてロードする必要があった。しかしどのペプチドがガン抗原として使えるのかは組織抗原がそれぞれ異なっており、決めるのは難しい。
今日紹介する米国ベイラー大学からの論文は４種類のガン抗原から生成されることが予想される何十種類ものペプチドをあらかじめ作成してそれを抗原に末梢血を刺激し、T細胞を増殖させ、それを末期の骨髄腫患者さんに投与した臨床研究で７月２９日号のScience Translational Medicineに掲載された。タイトルは「The safety and clinical effects of administering a multiantigen-targeted T cell therapy to patients with multiple myeloma (複数のガン抗原に対するT細胞による骨髄腫治療の安全性と効果)」だ。
すでに新型コロナウイルスに対する反応性T細胞をMHCに関わらず検出するための方法として、理論的にウイルスタンパク質から生成される何百種類のペプチド抗原を使う方法を紹介したが、この研究ではまさにこの方法の一種コンパクト版を使っていると考えていい。
骨髄腫で特異的に発現していることが知られている４種類のガン特異的分子それぞれに対する２０merペプチドを用意し、患者さんの末梢血から調整した樹状細胞にロード、これを抗原として、やはり末梢血から調整したT細胞を刺激、様々な増殖因子を加えて反応するT細胞を増殖させる。これを、患者さんに投与して、安全性と効果を調べている。
今回治療の対象になったのは、これまでの治療で再発した骨髄腫の患者さん２１人で、半分は他の治療薬に加えるアジュバント治療として、残りは使える薬がないことから、T細胞治療単独で経過を見ている。この研究では治療法を検証するために、遺伝子解析やscRNAseqなどのハイテク解析が行われた意欲的な臨床研究だ。
結果だが、
この方法で全ての患者さんから増殖するT細胞集団を調整することができ、遺伝子解析から、平均で４０００種類のT細胞クローンから構成されており、ペプチドをロードしたガン細胞のキラー活性も存在することを示している。すなわち、この方法でT治療用のT細胞を増殖させることができる。 ２〜８回に分けて細胞を投与しているが、CAR-Tとは異なりほとんど自己免疫症状は起こらない。一人強い貧血になっているが、治療を止めることなく回復している。 アジュバント治療として行ったグループでは、９例全員が完全寛解し、２例を除いて、最長で４０ヶ月近く再発が見られていない。続けている薬剤の効果も当然考える必要があるが、これまでの経験から考えると間違いなくT細胞の効果がある。 一方単独で治療した群では、１例を除いてほとんどで再発が見られている。それでも平均２２ヶ月間進行を止めることができた。 複数の抗原を用いているので、ガン抗原が失われて効果がなくなるより、T細胞の方でチェックポイントが働いたり、共シグナル低下によりガンの抵抗性が上がる。 他にも、かなり詳しいデータが集められているが割愛する。結論としては、ペプチドミックスを用いれば、ガン特異的T細胞を、遺伝子操作なしに調製して治療に使えるということで、
末梢血をそのまま用いることができる。 ペプチドミックスはガンに合わせてあらかじめ用意しておけばいい。 これまで免疫治療を行ってきたクリニックでも実施可能。 将来ペプチドの相性についても、MHCに合わせて選ぶことも可能。 など、新しい免疫治療として発展できるのではと期待する。
2020年8月11日
サリドマイドが上肢の発生異常を誘導するメカニズムの解析から、標的タンパク質にユビキチンリガーゼをリクルートしてプロテオソームタンパク質分解システムに誘導して不活化する治療法が開発され、転写因子イカロスを標的としたレナリドマイドが現在骨髄腫の治療に利用されている。もともと機能阻害分子を開発するのが難しい転写因子を標的にする治療薬開発の方向性として、現在も研究が進んでいると思う。ただ、この方法では細胞表面分子や分泌分子は標的にならない。
今日紹介するスタンフォード大学からの論文は、プロテオソームの代わりにリソゾームへ標的分子を誘導して分解する方法についての研究で８月５日号Natureに掲載された。タイトルは「Lysosome-targeting chimaeras for degradation of extracellular proteins （リソゾームへ移行するキメラ分子は細胞外タンパク質の分解を誘導できる）」だ。
この研究の鍵はcation-independent mannose 6 phosphate receptor (CI-M6PR)と呼ばれる分子で、マンノース６リン酸（M6P）が結合したタンパク質と結合してリソゾームに引きずり込み、標的タンパク質をリソゾーム内で遊離したあと、自らはまた細胞表面にリクルートされる分子で、例えば細胞表面のIGF2成長因子はこのメカニズムで不活化されている。
この研究のハイライトは、M6P分子がN-carboxyanhydrideベースのポリペプチドに結合した血清中で安定なCI-M6PR結合分子（LYTAC）を設計したことで、この分子を運び屋シャトルとして、細胞表面や細胞外分子に結合する分子と結合させ、リソゾームに引きずるための様々な条件を検討している。
まず予備実験として蛍光分子が結合したアビジンタンパク質を、ビオチン結合LYTACでリソゾーム内に引きずり込めるか、蛍光の局在を指標に確かめ、ビオチン LYTACと結合したアビジンはリソゾームで分解できることを確認している。また、リソゾームへの輸送に関わる分子がノックアウトされると、アビジンは細胞内に取り込まれないことも確認しており、期待通りリソゾームに引き込むことでタンパク質分解を誘導する治療法が可能であることを示している。
この結果をもとに、発癌遺伝子として働くことがわかっているEGF受容体に対する抗体をLYTACに結合させた分子を設計し、この分子が培養細胞表面上の７０％のEGFRを分解し、増殖因子反応性を低下させることを明らかにしている。
次に、エンドゾームに取り込まれてもリソゾームに輸送されないトランスフェリン受容体CD71を、抗CD71抗体結合LYTACがリソゾームに引き込むことができることを示している。CD71 も現在、抗体による癌治療の標的として研究が進んでおり、LYTACによりさらに完全に分解することが期待できる。
このようにガンのドライバーに対する抗体治療の効果をLYTACはさらに高めることができるが、他にもアルツハイマー病を促進するAPOE4分子を細胞外からリソゾームに集めて分解する可能性も示されている。もちろんリソゾームで分解できないと、逆に問題が起こるが、分解できるタンパク質ならこのシステムを利用できる様々な病気があるように感じた。
臨床応用まではまだ時間がかかると思うが、面白い可能性だと思う。
2020年8月10日
少し専門的な論文が続いたので、糖尿病の臨床診断に関する論文を取り上げることにした。
２型と異なり、１型糖尿病の患者さんの多くは、知らないうちに高血糖が進み、意識障害に至るケトアシドーシスで発見されることが多く、命の危険を伴う。したがって、まだ決定的な発症を抑える方法は開発されていないとはいえ、早期にリスク予測をして、ケトアシドーシスに至らないよう指導することは重要だ。
今日紹介するPacific Northwest Research Instituteを中心とする国際チームからの論文は小児の１型糖尿病を少なくとも４ヶ月前に予測してケトアシドーシスにしないことを目的としたコホート研究で８月７日Nature Medicineオンライン版に掲載されている。タイトルは「A combined risk score enhances prediction of type 1 diabetes among susceptible children （高い発症リスクを持つ子供の発症予測精度を高める総合リスクスコア）」だ。
現在１型糖尿病リスクの予測確率が高い指標は組織適合性抗原(HLA)タイプなので、この研究では出生時に特定のHLAを持っている子供約８０００人を１５年追跡して、診断精度を高める指標を確立し、実地臨床でのマニュアルを策定しようと試みている。
１０年以上にわたって８０００人をフォローして発症を調べたことがこの研究のハイライトで、この豊富な臨床データから相関が示唆された様々な形質、さらには最近新しく示されたHLA以外のSNP アレーを用いた遺伝的リスクスコア(GRS2)などを、このコホートで改めて検証し直し、最終的にGRS2＋膵臓に関する自己抗体＋そして家族歴を組み合わせた総合指数を用いると、２歳までに診断がつく子供達の数が倍加することを示している。
残念ながら、例えば副鼻腔炎など、臨床的にリスク要因としてこのコホートでも確認しているが、これらを加えてもそれほど予測頻度は高まらない。今後AIなどを用いた方法で、せっかく集めた他の指標を加えた新しい診断法が生まれることを期待したい。
残った３つの要因のうち遺伝的スコアと家族歴は生まれた時から決まっているので、結局この研究から示唆されるのは、ハイリスクの子供をゲノム検査でまず選別し、膵臓に関わる自己抗体（グルタミン酸デカルボキシラーゼに対する自己抗体、インスリノーマ抗原２に対する自己抗体、そしてインシュリンに対する自己抗体）を定期的に調べて総合リスクスコアを毎年計算し直すというプロトコルになる。
これをあらゆる子供で続けるのはコストから考えても非現実的なので、結局新生児でのゲノム検査が広く行えるかどうかが鍵になる。考えてみると,今回の新型コロナウイルスPCR検査能力で浮き彫りになったわが国の後進性から考えると、希望する子供のゲノム検査を受けれるようにすることが、わが国の最も重要な課題ではないかと思う。
2020年8月9日
新型コロナウイルス（Cov2)がコードする分子についての論文を読んでいると、Cov2が最も嫌う免疫機構がType Iインターフェロン(IFN-I)(= IFNα、IFNβ)ではないかと思う。すなわち、感染したホストがIFN-Iシグナルを動員しないように操作する仕組みを何重にも備えている。
このブログでも紹介したように、Cov2のコードするタンパク質のうちOrf6はimportinに結合してSTAT1の核内移行を妨げて、IFN-Iシグナルを抑える（https://aasj.jp/news/watch/12749 ）。イベルメクチンはOrf6のインポーチン結合を阻害してIFN-I誘導を回復させるから、抗ウイルス薬として使える。さらに、PLproプロテアーゼはIRF3からISG15を引き剥がして、IFNβが誘導されるのを防ぐ（https://aasj.jp/news/watch/13619 ）。重要なことはISG15自体、IFN-I/STAT1により誘導され、Orf6にも間接的に関わることから、Cov2はIFN-Iシグナルを抑え、加えてIFN-Iの誘導自体も抑える仕組みを持っていると言える。このブログでは紹介していないが、これに加えてウイルスRNAのCapメチル化を通して、侵入したばかりのウイルスRNA が自然免疫系に感知できないようにするメカニズムも持っている。
もちろんこれらの仕組みは、感染したウイルス量依存的で、ある意味で自然免疫とウイルス感染量とのせめぎ合いで、自然免疫を強く抑制できると、自然免疫の方が低下して、多くのウイルスが分泌され、結果重症化していくというシナリオが考えられる。
前置きが長くなったが、この仕組みが実際の患者さんで働いていることを強く示唆する臨床データがパリ大学から８月７日号のScienceに掲載された。タイトルは「Impaired type I interferon activity and inflammatory responses in severe COVID-19 patients （重症Covid-19患者さんで見られるtypeIインターフェロンの活性と炎症反応）」だ。
この研究の目的はcovid-19重症化をいち早く予想する指標を確立することで、発症後１０日目で患者さんを、軽症、重症、重篤の３ステージにわけ、血液を採取、CyToFと呼ばれる、質量分析器とフローサイトメーターを組み合わせた方法で単一血液細胞レベルで発現タンパク質を詳しく調べて、以下の所見を明らかにしている。
これまで指摘されているように、リンパ球の現象が重症・重篤症例で著明に見られるが、様々な解析から、T細胞でアポトーシスが高まることを反映している。 他にも、重篤者で特にNK細胞の減少が著しいが、逆にB細胞は増えている。 すべての白血球を集めて遺伝子発現を調べ、自然炎症に関わる遺伝子発現と、IFNに関わる遺伝子発現で主成分解析を行うと、発症１０日目の段階で、軽症、重症、重篤の３群を完全に分離できる。 この解析から、IFN-Iに対する反応が高い患者さんは軽傷で、逆に低い患者さんは重症化することがわかる。また、IFN-Iシグナルが低下しているグループでは血中のウイルス量が減少しない。ただ、試験管内でIFN-I刺激を行うと、重症か患者さんの細胞も反応できることから、IFN-I刺激自体が低下していることを示す。 血中のIFN-I が重篤者では強く抑制されている一方、IL6やTNF αのような炎症性サイトカインは上昇している。 この論文では、ウイルスのIFN-I抑制機能についてはまったく言及していないが、結果の多くは最初に述べたシナリオに合致しており、Cov2が肺に感染した時、IFN-I を首尾よく抑えきれた時、ウイルスから見れば増殖し続けられ、患者さんから見れば重症化することを示している。
では、なぜIFN-Iは抑えても、IL-6 やTNFαが上昇するのか？もしCap-メチル化でウイルスRNAがステルス化するとしたら、サイトカインストームも抑えられても良さそうだ。おそらく血管内皮や血球系に感染がおこると、NFκβ経路がより強く反応してしまう可能性もあるが、今後細胞レベルで詳しく検討が必要だろう。昨日述べたように、自然炎症に関わるHDAC3の２面性も関係しているように感じる。
いずれにせよ、肺炎の段階でCov2の最も嫌うIFN-Iを吸入させる治療などは有効な治療になり得るような気がする。、
2020年8月8日
ヒストンアセチル化はヌクレオソーム構造を緩めてRNA ポリメラーゼの結合がたやすくなり転写を高める。これに対してヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)がアセチル基を外して染色体を閉じ、転写が抑えられる。基本的にはゲノム全体にわたる単純な原理で、到底このような非特異的過程を標的にして薬剤を開発できるとは思えないのだが、実際にはガンを始め様々な疾患についてHDAC 阻害剤が開発され、実際に成功を収めている。これはHDACファミリーの個々のメンバーが、特定の遺伝子領域の調節に関わる一種の特異性があるからで、今日紹介するペンシルバニア大学からの論文は核内受容体NCoR1/2と結合することでHDAC活性が発揮されるHDAC3のHDAC活性の調節について研究している。タイトルは「Dichotomous engagement of HDAC3 activity governs inflammatory responses （HDAC３は２種類の異なる作用機序で炎症反応を調節する）」で、８月5日Natureにオンライン掲載された。
この研究ではHDAC3ノックアウトマウスが致死的であるにも関わらず、HDAC 活性だけを失わせた突然変異マウスは生まれて来ることに着目し、HDAC3にHDAC活性以外の機能があるか検討している。マクロファージをLPSで刺激する自然免疫系（NCoRが関わっていることがわかっている）が誘導される遺伝子のうち７００程度がHDAC3依存性で、HDAC3 ノックアウト（KO）マクロファージでは誘導されなくなるが、そのうち半分がHDAC3点突然変異（PM）遺伝子を再導入することで元に戻る。すなわち、HDAC活性に依存する転写と、依存しない転写に分けられることが明らかになった。
これがこの研究のハイライトで、あとはHDAC活性に依存しない転写誘導メカニズムと、依存性、非依存性転写の関係の比較を進め、以下に述べる面白いHDAC3の２面性を突き止めている。
HDAC活性非依存的に誘導される遺伝子はATF2転写因子とHDAC3の協調により調節を受けており、炎症により誘導されるサイトカインなどが中心。 一方HDAC活性依存的な調節を受ける遺伝子は、ATF3転写因子とHDAC3が協調することで抑制され、Toll like familyシグナルに関わる遺伝子が中心。 HDAC３は、LPS下流のp65により調節を受けるが、HDAC活性非依存的遺伝子の発現は高まる一方、HDAC活性依存的遺伝子の調節領域ではHDCA3の分離が促進され、遺伝子抑制が外れる。 以上の結果から、HDAC3を完全にノックアウトすると、HDAC活性非依存的炎症遺伝子の誘導を抑えることができるため、Toll経路の炎症反応が誘導されても、マウスはLPSに抵抗性を獲得し、結果としてLPSに対する抵抗性は上昇するが、HDAC活性だけを欠損させた変異では、非依存的な炎症はそのまま残った上に、本来ならLPSで抑制される炎症反応まで加わってkLPSに対する感受性が上がることが予想される。このことをノックインマウスを用いて証明している。 以上、少し複雑で理解しにくいかもしれないが、多くのHDAC阻害剤が脱アセチル化活性を標的にしているとすると、HDAC活性以外の機能を考慮して作用を考えることの重要性を示す興味深い研究だと思う。
2020年8月7日
現役を引退した頃は、様々な動物や植物のゲノム解読データはトップジャーナルに採択されていた。しかし、いつ頃からか新しい種のゲノム解読データは専門誌に回るようになり、そこまで手が回らない隠居の身では、ほとんど新しい種のゲノム論文を読まなくなってしまった。しっかり読んだ最後のゲノム論文は確かアフリカ爪ガエルのゲノムだったように思う。
今日紹介するニュージーランド・オタゴ大学からの論文は、同国固有種のムカシトカゲのゲノム解読についての研究で、新型コロナウイルスの論文であふれたNatureに８月７日オンライン掲載された。タイトルは「The tuatara genome reveals ancient features of amniote evolution （ムカシトカゲのゲノムは有羊膜類の進化の太古の特徴を明らかにする）」だ。
読んでみると、これまでの新しい種のゲノム研究と特に変わることなく、ゲノム全体の特徴とともに、進化過程に関する推察、そして種の特徴に関わる遺伝子についての考察と進んでいく。
ただ、ムカシトカゲは、ニュージーランドにだけ生き残ったゴンドワナ大陸に栄えた種の末裔で、絶滅危惧種であること、カメをのぞくと最も長生きする爬虫類で、１００歳は生きるとされていること、体温が１６〜２１度と低いこと、薄暗い中で優れた視力を示すことなど、面白い性質を持っていることから、Natureに掲載されたのだろう。
中でも決定的に面白い点は、５Gというヒトゲノムを凌駕するゲノムを有し、この巨大サイズが最近まで活動的だった様々なタイプの繰り返し配列によって構成されていること、そしてこの繰り返し配列が爬虫類特有のタイプと、なんと哺乳類特有のタイプの両方が共存していることがわかった。すなわち、ムカシトカゲが有羊膜類が哺乳動物と爬虫類に分かれた時期の特徴を残していることが推察される。
もちろん、ムカシトカゲの持つ特徴についても、ゲノムからバックアップが行われている。中でも最も面白いのは、低体温をサポートする仕組みだが、温度を感じるTRP遺伝子の数が増大していることが、重要なメカニズムではないかと想像している。
他にも、夜行性であるにも関わらず、色彩を感じるオプシン遺伝子は５種類も存在し、しっかり色を感じることが明らかになった。成長するまでは逆に昼行性であることがその理由かもしれない。一方、機能的な嗅覚受容体が３４１も存在しており、夜行性の狩を支えているのかもしれない。
最後に、長生きの秘訣だが、抗酸化作用を持つセレノタンパク質が２６種類存在し、このタンパク質翻訳に必要なセレノシステインに対する４種類のtRNAまで有している。低体温も重要なファクターだと思うが、この特殊なタンパク質の秘密をぜひ解き明かしたいものだ。
このように、特徴的遺伝子からも、進化の位置からも興味が尽きないムカシトカゲだが、ゲノムの進化はこれまでの通説に反して極めて遅いようだ。そして、ゲノムの多様性から推察される集団サイズだが、何回かの盛衰を繰り返しているが、現在では個体間の多様性に乏しく、絶滅の危機に瀕していることが推察される。
久しぶりに新しい種のゲノムの論文を読んだが、あらためて生物進化の壮大さに打たれる。
2020年8月6日
腸内細菌叢と健康の関係が示されて以来、様々な国民、民族の腸内細菌叢が集められ、比較されるようになった。これまで目にした論文から私が抱いているイメージは、同じ人の腸内細菌叢でも生活スタイルが変わると変化すること、民族性より、生活の都市化と細菌叢が関わること、都市化されない暮らしでは粗食でも細菌叢は豊かなこと、などだ。そして、なぜ原始的な粗食生活を送る部族の腸内細菌叢の種類が豊かなのか、秘密を解き明かすことの重要性を感じてきた。
今日紹介するアイルランド、コーク大学からの論文はIrish Travellersと呼ばれる都会の遊牧民とも言える人たちの腸内細菌叢を調べて、工業化と細菌叢との関係を調べた論文で７月号のNatureに掲載された。タイトルは「Microbiome and health implications for ethnic minorities after enforced lifestyle changes （少数民族の生活スタイルの変化による細菌叢と健康の変化）」だ。
この論文を読むまで全く知らなかったが、アイルランドには一般社会から離れてキャンプ生活を送る少数民族が何世紀にもわたって存在しておりIrish Travellersと呼ばれている。その生活のレポートはNational Geographicの写真から窺えるが（https://www.nationalgeographic.com/photography/proof/2016/08/irish-travellers-uphold-the-traditions-of-a-bygone-world/ ）、イメージとしては欧州のジプシーを考えてもらえばいいと思う。ただ、遺伝的にはアイルランド人で、アイルランド内で一般社会から分離し、放浪生活を行っている。写真からもわかるように現在はキャンピングカーで放浪しているが、徐々に一定の地域に定着をはじめ、さらにはキャンピングカーを離れて自宅を所有するようになったグループも存在するようだ。
この研究では定着性の観点からIrish Travellersを３群（自宅を持つ群、子供時代に放浪していたが現在は定着している群、そして成人した後も放浪している群）に分けて、腸内細菌叢を調べている。
結果は驚くべきもので、Irish Travellersを生活スタイルで選り分けた３群では、それぞれ特徴的な腸内細菌叢を持っていることがわかった。そこで、世界中の細菌叢データベースと比べると、Irish Travellersは工業化先進国と、アフリカやポリネシアの非工業化途上国とのちょうど中間に分類されること、そしてIrish Travellers の３群は、非工業化から工業化の道筋の中間で、定着化により工業化への道を進んでいることが明らかになった。
すなわち、Irish Travellersが、工業化社会により起こる細菌叢の変化を研究するモデルとして最適な集団であることが示された。
実際、細菌叢から比較的正確に生活スタイルを予測できることから、今後どの生活様式が定着、工業化で変化したのか研究が進むと思う。もちろん初期的な相関解析を行っており、定着しているかどうか、子供の数、WHO精神健康指標、ペットの数などが強く相関することを示しているが、それぞれの要素間で相互作用があるため、詳しい相関解析は今後に待つ必要があると思う。
しかし、細菌叢を単純な健康指標として表面的に考えないことがいかに大事かを示す面白い論文だと思う。腸内細菌民俗学も面白そうだ。
2020年8月5日
WHOのテドロス事務局長が、「新型コロナウイルス(Cov2)に対する特効薬が今後も存在しない可能性がある」と述べたそうだ。特効薬など南北医療格差を拡大するだけで、途上国にはいくら待っても届くことはないと言う、警告の意味だと解釈したいが、医学上本気でそう思っているなら、最新の医学知識をほとんど勉強していない、公衆衛生テクノクラートと言う他ない。
というのも、コロナウイルスは最も複雑なRNAウイルスで、侵入後最初に起こるRNAの翻訳過程とそれに続くタンパク分解による機能分子生産過程を見るだけでも、途方もなく特殊で複雑な過程をうまく調節する必要があることがわかる。すなわち、ハイテク侵入部隊なので多くの条件が必要になり、戦線が延びて弱点が晒されやすい。これまでCov2に対する薬剤と称するものは、すべて他のウイルスに対して開発された、目的外使用だったが、Cov2がコードするほとんどの分子の構造と機能が刻々と明らかになりつつある今、Cov2特異的な薬剤が開発されることは時間の問題だと思っている。それも、ポリメラーゼに限らず、多くのCov2分子に対して開発されるだろう。
そして何よりも、昨日大規模治験入りが報道されたファイザーのモノクローナル抗体を皮切りに、各社入り乱れてモノクローナル抗体薬の投入が始まるように思う。と言うのも、Cov2に対するモノクローナル抗体は患者さんのB細胞から分離する抗体遺伝子を用いており、わざわざヒト化する必要がなく、いい抗体ならすぐに治験に入れる。実際、動物を用いた前臨床モデルでは、中和活性の高いモノクローナル抗体は治療効果が高いことが証明されている。
このように、高額になることを覚悟すれば、今後最も頼りになる治療法としてモノクローナル抗体薬が期待できると思っている。
例えば致死率９割に近いエボラ出血熱に対してレムデシビルと同時に治験が行われた２種類のモノクローナル抗体薬は、レムデシビルと比べて高い効果を示したことが昨年暮れに報告された（https://aasj.jp/news/watch/11936 ）。
７月３０日号のThe New England Journal of Medicineにはさらにモノクローナル抗体薬の成功を示す結果が２報発表された。最初はシンガポール国立大学からの論文で、モノクローナル抗体により黄熱病ウイルスの増殖を予防できると言う研究だ。
この研究は、黄熱病に対するモノクローナル抗体の安全性と効果を調べる１相の治験で、実際の感染症予防ではなく黄熱病ウイルスを弱毒化したワクチンスタマリルを投与した時のウイルス血症抑制効果を調べて、効果を検証している。
私も接種を受けたが、スタマリルは弱毒化されているとはいえ、ウイルス血症が起こるため１週間程度様々な症状に見舞われる人が多い。はっきりいえばそのぐらいして初めて、一回投与するだけで有効なワクチンとして認められているのだろう。このスタマリル接種後のウイルス血症をTY104抗体は完全に抑えている。また、抗体の半減期は２週間程度で、有害事象も許容範囲という結果だ。
黄熱病はワクチンが存在するので、発症者はそう多くないが、それでも発症した場合は抗体治療の可能性が示されたと言っていいだろう。
これは抗体を治療に用いる研究だが、同じ号のThe New England Journal of Medicineには抗体をRSウイルスの予防に使う可能性を示した論文が発表されている。
RSウイルスは今も途上国の子供の命を奪う最も厄介なウイルスだが、まだ有効なワクチンは開発できていない。しかし、途上国で利用できるかは別として、モノクローナル抗体が治療だけでなく、流行時に予防的に投与することで、ワクチンの代わりに使えることが示されてきた。
このアストラゼネカ社からの論文はこの方向の集大成とも言える治験研究で、中和活性を高め、さらに体内での半減期を５ヶ月にまで延長させたRSウイルスに対するモノクローナル抗体Nirsevimabを流行前に１回筋肉注射された幼児（平均３.２歳）を１５０日間追跡し、RSV を発症した症例数を調べている。
結果は、感染者を７０％抑え、入院治療の必要な患者数を８０%近く抑えることができたと言う結果で、ワクチンと異なり注射後すぐに効果があることから、ハイリスクグループを対象に流行時一回予防的注射を行うのは現実的解決策になると思う。
実際同じような半減期を伸ばした抗体の予防的使用はエイズなどにも実用化が進んでおり、当然新型コロナウイルスについても高リスクグループを守る方法として定着すると期待している。
エボラウイルスの治験でわかったように、もちろんモノクローナル抗体といえども、例えば植物で作らせた抗体は効果が見られなかった。ただ、ワクチンと異なり、同じ抗体を治療や予防に利用できる点が大きな利点で、最終的に最も効果が高い抗体が生き残ればいい。また、一旦いい抗体ができれば、様々な操作を加えて使いやすくすることも可能になる。
研究の速度から、新型コロナウイルスに対して、特効薬ができるのは時間の問題だが、以上の例から、最初に実現化するのは、モノクローナル抗体による治療、および予防ではないかと思う。おそらく、感染が拡大している地域に旅行する前に、一回抗体を注射して出かけることすらあり得る話だと思う。
